フローラが見た光景はいったい？
イシュタへやって来ると町は壊滅状態。
その後、アフルやイズーを周り、皇帝が大規模なレジスタンス狩りを行った事が判明。
イシュタでは関係ない人まで捕まったらしく、イズーではあのゲイルも連行されたらしい。
ユイシスでわざとガードに捕まってグロストス城の中へ入る事に成功。
中を進んで行き、フレイアルームでフラッドと対面。
彼にモンスターは地上へ行かずに地底世界に溢れ出ている事や、皇帝がイシュタを壊滅させた事を伝えると動揺した様子で奥へと駆けていくのであとを追いかける。
フラッドが皇帝に事実を確認している様子を盗み聞き。
皇帝は地上を取り戻すために多少の犠牲はつきものだと言い、いいものを見せてやると言って2人は姿を消す。
奥で大盗賊ゲイルを発見。
彼から皇帝がとんでもない武器を完成させた事、レジスタンスやマスター達がウイルの町の先にあるベルン収容所へ連れて行かれた事を聞きウイル通行証」をもらう。
それにしてもさすがは大盗賊だけあって、捕まっても見事抜け出して城のお宝を漁って回っているようだ。
たくましい爺さんである。
通行証を使ってウイルの町へ到着するも門が閉じられていて入れず。
町の左側へ移動すると、レイシアやボザがキュベラのレジスタンスを連れて来るという声がするのでこちらもキュベラへと向かう。
キュベラで丁度到着したらしいレイシアと合流しレジスタンスのアジトへ。
仲間やマスターを救いにベルン収容所へ行くと言うので同行を願い出る。
一旦は承諾したレイシアだが、彼らを連れ去られたのは自分達のミスだという責任感から、アトラス達が眠っている間に先に行ってしまう。
キュベラの東にある民家のベッドを動かすと隠し階段。
降りてみると何かいる……。
カザズームという帝国の手先のようだが、こんなとこで待っておらずに上へ出て来ればいいのにとも思うがそこは突っ込まないでおこう。
カザズームは氷の壁で覆われており、こちらの攻撃一切を受け付けない。
癪だがこの場は一旦退散。
ランドーがブラムナの呪文があればいいというので、シリカにいるディームに「杖のかけら」を渡して、ブラムナの書とヒュドナの書をもらう。
再びカザズーム戦。
ブラムナで氷の壁を溶かせばダメージを与えられるようになる。
HPが減ってくると分身。
さらにサイレスも使い、「回復キノコ」でHPの回復を行う。
もっとも「回復キノコ」を使ったのは1回だけ。
サイレスもこちらが回復アイテムを持っていれば怖い事はない。
特に苦戦する事なく撃破。
長い抜け道を通ってウイルの町へ。
ケリイからレイシア達がすでにベルンへ向かった事を聞く。
装備を購入したらベルン収容所へ。
ベルン収容所へ到着するが扉が閉じられていて入れない。
外からガード達の話し声を聞くと、どうやらレイシア達はたまたまさぼっていたガードに見つかって捕まってしまったようだ。
さらにあのナレサ隊長も反逆を企てた罪で捕えられたらしいが、ここへの運ばれてくる途中で逃げ出したらしい。
おそらくウイル～ベルンまでのどこかに隠れているのではとガード達は話しているが一体どこへ？
ネサの辺土西側にある穴から試練の洞窟へと入り、その奥でナレサ隊長を発見。
皇帝の独裁体制に我慢できず、マスター達を新たな指導者として国を変えたいと話すナレサ。
ベルンに収容されたレジスタンスを救う話をすると、自分がアトラス達を捕まえたということにして中へ入り込もうということに。
ベルンでナレサの作戦通りに扉を開けさせ、番兵のドラスト2体を倒したらレイシア達を救出。
ところがマスター達は皇帝の新しい武器制作に関わらされた後、その武器で処刑されるためにプロスへ送られたという。
プロス収容所へ行くと、まさにマスター達が処刑されようとしていたところ。
ディゲンス戦。
ドラストゴースト2体を呼び出す。
ディゲンスはヒュドナと尻尾による毒攻撃を仕掛けてくる。
「レストナキノコ」と「毒消し草」を用意しておけば、あとはインパスで攻撃力上げて通常攻撃で難なく倒せた。
救出した5人のマスターから地底人についての話を聞く。
かつて彼らが地上に住んでいた事や、彼らの文明がアグニージャに滅亡させられたこと。
その中でフレイアの導きによって彼らは地底深くに避難し、地上が元の姿に戻るまで冷凍睡眠に入ったこと。
睡眠から覚めた彼らが地上に出ようとしたところ、すでにそこにはイセルハーサという新しい世界があり、人々が暮らしていたことなど。
そこで彼らはマスター以外の記憶を記憶を消し、地底にとどまることに決めたらしい。
ところが20年前、ゴドウィン2世という男が現れ、自らを皇帝を名乗り地底支配に乗り出した。
ゴドウィン2世はガード達をモンスターに改造させ、恐怖政治のもと地上へも乗り出すつもりでいるという。
ヨシュアは人工衛星らしく、1作目から存在する「ヨシュアの目」や「ヨシュアの鏡」によって見る事ができる地形マップは、この人工衛星から送られてきたデータ。
そしてフレイアとは万能な装置であり、悪用されないために正義を守る人格部が存在するらしい。
その人格部が装置から切り離された事で、フローラが見た女神フレイアは行き場を失ったフレイアの意志エネルギーが視覚化されたものではないかとのこと。
プロスで処刑に使われそうだった新兵器でグロストス城へと突入し、さらにこの兵器の一部を使えば皇帝をも倒せる最強の剣「太陽の聖剣」が作れる。
だが、それには城の設備を使う必要があるそうなので、2組に分かれて本館へ攻め込もうということに決定。
アトラス達は準備のために一旦地上へと戻る。
・日記1（序章:平和な日々）
・日記2（第1章:開かれた奈落）
・日記3（第2章:英雄たちの行方）
・日記4（第3章:竜の卵）
・日記5（第4章:暗黒の支配者）
・日記6（終章:祈り、そして希望）
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