第二部の舞台は現代。
宇宙海賊要塞バルバドスにて、ガルドが何者かと話している場面からスタート。
そこへ現れたのはコズミックハンター達。
バルバドスに侵入したユウ達を操作。
バンやリムは別ルートから先に侵入したようだ。
先へ進むと、諜報部員のダンと合流。
彼の部屋で変装してBARへ。
BARで酔っ払っている隊長から部屋の鍵を入手。
隊長の部屋でKカードを手に入れる。
牢屋でダンの仲間ロイと会話。
ロイはガルド達がタイムマシンを作って過去へとさかのぼり、コズミックセキュリティー創設者であるトキダダイゴを抹殺しようとしているとの情報を入手していた。
タイムマシン完成を阻止すべく工場を目指す。
基本、この第二部は逃げまくればOKだが、強制戦闘だけはそうもいかない。
↑の戦闘では、真ん中の装甲戦車には通常攻撃や魔法が一切効かない。
必殺攻撃で倒す。
司令室に到着。
だが、すでにガルドの姿はなく、いたのは親衛隊たち。
こいつらを倒すと「Tカード」を入手。
工場へ到着するとタイムマシンはすでに完成。
しかも、バン達は捕えられている。
ガルディオン戦。
こちらの攻撃が一切効かない負けイベント。
絶体絶命のピンチ。
その時！
ニャンがキルケニーに乗って登場。
バン達を救出する。
そして再びガルディオン戦。
キルケニーの肉球アタックで終わるこれまたイベント戦。
だが、ガルドはタイムマシンを使って過去へと逃げてしまう。
このままではトキダダイゴが殺され、コズミックセキュリティーは消滅。
つまりこの宇宙の危機ということになる。
ピックの提案で、残ったタイムドライブシステムとキルケニーのエネルギー増幅装置を連結させれば、1人くらいは往復させる事が可能かもしれないとのこと。
タイムドライブには膨大なサイキックエネルギーを必要とするため、メンバーの中ではユウにしかできない。
ユウはみんなを残し、過去へと旅立った。
こうして第二部が終了する。
・日記1（トトの村～灯台）
・日記2（王都トリスタン～シハッミ山）
・日記3（妖精の村～王家の墓）
・日記4（要塞バルバドス）
・日記5（港町ライナ～宇宙港）
・日記6（レイス島～ミラの町）
・日記7（ミラの町～ゴードス火山）
・日記8（要塞～エンディング）
・ゲーム日記ページ
